Das Bonner Universitätsmuseum wurde im Juni 2013 eröffnet. Es befindet sich in den Räumen der ehemaligen Studentenbücherei im Hauptgebäude der Universität. Das Universitätsmuseum versteht sich als »Schaufenster der Wissenschaft«, es will Aufgabe, Leistungen und Geschichte der Universität Bonn einer breiteren Öffentlichkeit näherbringen.

Die noch im Aufbau befindliche Sammlung des Museums umfasst in erster Linie Gegenstände aus dem Bereich des akademischen Brauchtums bzw. akademischer Gepflogenheiten. Dazu gehören Talare und Barette, Siegelabdrücke und Siegel, weiter auch Gastgeschenke auswärtiger Delegationen, Glückwunschurkunden zu Jubiläen und anderen festlichen Anlässen, Karnevalsorden der Universität Bonn und Ähnliches. Materialien aus Forschung und Lehre, beispielweise Mikroskope, Glasbildplatten oder auch Heliometer, wurden vereinzelt auch aus den Naturwissenschaften abgegeben. Eine umfangreiche Sammlung von Gipsarbeiten der Bonner Künstlerin Ingeborg von Rath befindet sich im Depot. 

Das Universitätsmuseum wurde vom Universitätsarchiv der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn gegründet. Seine Dauerausstellung ist nicht zu denken ohne die »Flachware«, die in Form von Akten, Flugblättern, Ausweisen, Reisepässen, Doktorurkunden oder Fotos dem Museum als Dauerleihgabe übergeben worden ist. Die Bestände des Universitätsarchivs mit seinem Archiv- und Sammlungsgut sind im Grunde mitzudenken, wenn es um das Depot des Universitätsmuseums geht. Auf 4000 Regalmetern wird hier die Überlieferung der Universität Bonn verwahrt. Zu den Beständen gehören neben den Verwaltungsakten aus der Universitätsverwaltung, der akademischen Selbstverwaltung und den studentischen Gremien auch Nachlässe und die Archive verschiedener studentischer Gruppen und Studentenverbindungen.