Die Universität Bonn hatte das CHE mit fachlicher Unterstützung ihres Zentrums für Evaluation und Methoden (ZEM) auf Mängel in seiner Ranking-Methodik hingewiesen. So sei bei manchen Fächern die Zahl der Befragungsteilnehmer zu gering für eine repräsentative Bewertung gewesen. Das CHE reagierte auf diese Kritik und nimmt inzwischen Fächer aus der Bewertung heraus, wenn zu wenig Studierende eines Faches an der Befragung teilgenommen habe. Außerdem werden zur Erhöhung des Rücklaufs die betroffenen Fakultäten stärker in die Datenerhebung einbezogen.
Die Universität Bonn hatte darüber hinaus erfolgreich angeregt, der Bedeutung von Wissenschaft und Forschung durch entsprechende Fragen mehr Gewicht im Ranking des CHE zu geben.
Zu den zentralen Kritikpunkten der Universität Bonn am CHE-Ranking gehörte auch die verkürzte und stark suggestive Darstellung der Ranking-Ergebnisse in den Farben der Verkehrsampel für die Spitzen-, die Mittel- und die Schlussgruppe. Die Bonner Evaluationsfachleute des ZEM konnten aufzeigen, dass sich Hochschulen mit roter Ampel („Schlussgruppe“) oft in ihren Leistungen kaum von mit Gelblicht („Mittelgruppe“) bewerteten Einrichtungen unterschieden. Die Methodik zur Einordnung der Hochschulen in die Gruppen wurde daraufhin überarbeitet.
Die Universität Bonn hatte die Gütersloher Rankingmacher auch darauf hingewiesen, dass die Kennzeichnung der „Schlussgruppe“ mit einem roten Ampellicht irreführend sei, da das Rotlicht als Symbol zu negativ besetzt sei und die Datenlage im Ranking nicht angemessen wiedergebe. Inzwischen hat sich das CHE von der Ampel-Analogie verabschiedet und stellt die Schlussgruppe in der Farbe Blau dar.
„Das CHE hat inzwischen alle wesentlichen Monita aufgegriffen und Fehlerquellen abgestellt“, sagt Rektor Professor Dr. Jürgen Fohrmann. Auch der Senat der Universität Bonn hatte den Wiedereinstieg in seiner letzten Sitzung befürwortet. Darum werde die Bonner Alma mater zur nächsten Ranking-Runde wieder mit allen Fächern an der Erhebung teilnehmen. Das Rektorat rief alle Studierenden und Mitarbeiter der Universität auf, die Bemühungen des CHE zu unterstützen, um ein möglichst unverzerrtes Ergebnis sicherzustellen. „Dies ist im Interesse aller Beteiligten“, betonte Professor Fohrmann.
Ein Kritikpunkt bleibt jedoch weiterhin bestehen: „Leider ist das CHE nach wie vor nicht bereit, die Mitglieder seines Fachbeirats öffentlich zu machen, wie dies sonst im Wissenschaftsbetrieb üblich ist“, bedauert Professor Fohrmann.